Das Museum wurde schon seit 1887 von der Antiquarischen Gesellschaft Wetzikon mit einer eigenen Sammlung betrieben, seit 1958 im Haus «zur Farb». Mit neuem Konzept wurde es 1985 unter der Trägerschaft der Stadt Wetzikon am selben Standort wiedereröffnet. 2002 wurde das Museum auf das Nachbargebäude ausgeweitet. Seit dem 1. Juni 2011 ist der damals neu gegründete Museumsverein für die operative Führung zuständig. Das Museum wird von der Stadt Wetzikon im Leistungsauftrag alimentiert.
Dank Sonderausstellungen, regelmässigen Veranstaltungen für die Öffentlichkeit und praktischer Arbeit mit Schulklassen hat das Museum einen festen Platz im kulturellen Leben der Stadt.